2002年10月，李青原结束了平静的学者兼顾问生涯。在放弃每年几百万美元的高薪、短暂的高盛投行工作之后，2002年李青原被周小川邀请进证监会，担任规划委办公室主任，继续做她最擅长的证券制度设计，工作重心是股权分置改革方案的研究与推动。工作领域变了，地位变了，不变的是学者本色，尊重事实、尊重客观规律的精神。
研究中心主要职责之一是草拟资本市场中长期发展战略和规划。在主持证券规划工作中，李青原认为，中国证券市场的发展要有规划，要总结经验，负责起草《中国证券市场九五时期到2010年发展规划草案》白皮书，即被炒得沸沸扬扬的“中国证券市场白皮书”。由于种种原因未能如期公布，但是很多要素都写进了国九条。
李青原本人虽敢言，但并非不善妥协。她自己公开说过，“作为学者，我们是追求终极真理，到底什么是最正确的，战略选择应该有一个最佳的东西，A点到B点的直线只有一条，但是现实生活当中不得不妥协，最后的结果往往是妥协的结果。”她希望，“最后妥协的结果真正能够有利于人民的长远利益”。
飘然洒脱的李青原
2002年，李青原因股改第二次进入证监会；2006年当股改大局已定、船至江心之时，李青原选择了离开。而今挂冠离去，选择做学者，李显得很飘然，很洒脱。
李青原的官职不大，她只是证监会规划委主任，但却是在公开场合露面最多的证监会官员，而证监会是为数不多的没有新闻发言人的政府机构。李青原甚至被认为是证监会的“政策传声筒”，有两个方面的原因，其一是李青原本人敢于直言，敢于提出自己独立见解；其二是李青原学术本领过硬，对资本市场有深厚的研究背景。证监会的一位人士评价她，“在规划委内部，大家对她都非常尊敬，评价都比较好，对她的能力都十分认可。”同样，在证监会的日子里，她说了很多东西，胆子比较大，所以有些人甚至会里的人可能对其有些不满。
