1950年3月台湾当局成立金门及马祖两军管区行政公署。
1950年初，解放军进攻东山岛。5月，国军从东山败走。
到了这里，解放军要一步步拿下金门马祖乃至台湾的目标仍然一清二楚。不料爆发了朝鲜战争，打乱了这个计划。
1950年6月朝鲜战争爆发后，以美国为首的联合国军击败朝鲜，大举越过三八线，进抵鸭绿江畔。中共中央军委暂停攻台计划，将主力部队调往朝鲜，进行“抗美援朝”。
美国则将台湾重新纳入防御体系，并派遗美国第七舰队进入台湾海峡。国民党军取得大量美援，借机加紧在沿海岛屿进行游击战。
1953年7月16日，朝鲜停战协定签署前，胡琏率国民党军，对位于福建和广东二省交界处的东山岛突然发起了登陆进攻作战。解放军击败国民党军，取得东山岛战役的胜利。战役后，老蒋不再派出成编制的部队反攻大陆，反攻大陆军事作战行动至此告终。
1955年1月20日，国民党的“福建省政府”于金门正式恢复建制，并于马祖设立“闽东北行政公署”。7月，“闽东北行政公署”改制为“福建省第一行政督察专员公署”。
1956年7月16日，台湾当局将其所谓“福建省政府”移驻台湾省台北县新店镇办公，并予以虚级化，负责研究有关“收复福建地区之重建计划方案及对大陆福建地区广播、闽侨联系、人才储备与不属战地政务之一般省政工作”。
台湾政治评论圈有这样一个说法，台湾有两个“金马奖”，一个叫人趋之若骛，一个叫人避之则吉。叫人趋之若骛的是电影金马奖，叫人避之则吉的是到远离台湾本岛去金门或马祖服兵役。
