除党政关系下产生这种特殊编制外，国务院机构设置下的许多政府部门也会在不同场合打出不同的牌子。这其中又分许多不同的情况。
有些机构的工作内容因为涉外，所以在对内与对外的活动中使用不同的名字。例如，交通运输部海事局，对外称中华人民共和国海事局。值得一提的是，国家海事局不是国务院部委管理的国家局，实际上它根本不是国家局，而完全是交通运输部内设的国务院海事主管部门，仅在涉外行政执法、行政管理时使用中国
海事局的名义。 其前身中国港务监督局与交通部港务监督局、中国船舶检验局与交通部船舶检验局，都是类似的一个机构两块牌子。又如，国家航天局、国家原子能机构实际上与国家国防科技工业局是一个机构，仅在外事活动时使用国家航天局、国家原子能机构的名义。国家国防科工局局长兼任国家航天局局长、国家原子能机构主任。
另外一种情况是：政府机构担负不同但有密切联系的多个工作任务，在履行各自职责时使用不同的机构名字。如重组前的中华人民共和国新闻出版总署同中华人民共和国国家版权局是一个机构两块牌子，地方各级人民政府的新闻出版局与版权局也是这样的一个机构两块牌子。地方各级人民政府的新闻出版局与版权局也是这样设置。
政府代行非政府组织事务中的“一个机构两块牌子”
由于中国的社会力量与结构仍在发展完善之中，一些非政府组织尚未运行成熟，因此许多非政府团体的运行和交往交由相应政府机构来执行，这也产生了大量的“一个机构两块牌子”的情况。
