作为校长，马云对湖畔大学寄望颇高，对标哈佛。
他相信，“中国要发展、要进步，必须要有企业家精神，必须对未来开拓。哈佛、耶鲁、MIT都很了不起，但是中国没有这样原创性的商学院，今天中国有了新经济的诞生，是时候、有机会诞生一所哈佛这样的学校了。”
按照设想，这里不教成功的技巧，教的是如何避免失败，希望企业基业长青，比如请一个将军讲如何作战部署，请艺术家讲艺术，请足球教练讲球赛布局。“你们一定很懂得技巧才会走到今天，但是要走到未来，光靠技巧是不够的，必须强迫自己学习一些其他优秀体系里面的思考。”
在每一次的开学季上，老学员新学生都会到场，“家国情怀”和“社会担当”成为被反复强调的两个关键词。而马校长希望的湖畔大学不是一个富人圈子，而将为学员提供一个探讨社会责任、社区责任、家庭责任和朋友责任的场所。
基于这样的定位，湖畔大学提供与很多商学院不一样的课程与要求，仪式感十足。
比如马校长喜欢偏爱银杏，因为这是世界上寿命最长的植物之一，“30年而生，300年而兴”，所以来湖畔大学上课之前，学员被通知从家乡邮过来一包土，这包土会放到湖畔大学新校址的银杏树下——在这里，每个学员都有一棵自己的银杏树。
比如这里要求学员要上戏剧表演课，赖声川的上剧院提供支持，在八九百平米的空旷舞台上，没有基础的学员要学会表演，与自己对话的前提是放空自己。
马云不喜欢湖畔大学的同学互相做生意，“世界那么大，为什么要跟自己的同学做生意？同时，这里也不提倡酒文化、官文化。”
