第二天中午，派出所指导员来了后，柯尊年气愤地说：“像你这样的警察，怎么能为人民群众的生命财产保驾护航……我要举报你。”那位指导员说：“随便。”
没过多久，柯尊年便写了举报材料送到了宁陕县纪委、政法委、公安局。“我当时复印了五百份，送了两百份”。柯尊年大概每隔一两周就去举报一次，经过三个月左右的举报，这位派出所指导员被撤职了。然而，令柯尊年没想到的是，2003年夏天的一个晚上，三辆警车突然停在他的诊所门前，民警向他出示搜查证，对柯尊年的诊所进行搜查。
柯尊年告诉记者，当时有位领导还问他是否举报了关于宁陕县四亩地镇“六九洪灾”的事情。然而，正是这位领导的问题激起了柯尊年心头一个大大的疑问——“六九洪灾”是不是有问题？如果没问题，为什么他们如此大动干戈？
2003年6月9日，汉江流域发生了洪灾，宁陕县部分地区受灾较重。“当时，我对那位领导说，‘六九洪灾’有什么见不得光的事……这个问题我一定要了解，如果有的话，将来举报的人一定是我，不会是别人。”柯尊年气愤地对记者说，也正是从那时起，他从个案维权走上了职业举报这条路。
柯尊年通过调查发现，“六九洪灾”发生时当地政府的个别负责人存在着严重的渎职行为，“他们接到两处打来的预警电话时并未及时采取措施，以至于洪水到来时猝不及防。相反，下游的佛坪县陈家坝镇由于领导的重视，及时采取措施，没有任何伤亡。”柯尊年告诉记者：“这件事彻底把我激怒了。”为此他专门去北京向中纪委信访接待室、国务院信访接待室等部门举报。经过不断的举报和媒体曝光，事后当地处理了一批乡镇干部，安康市财政下拨了专项救灾资金用于当地灾后重建。
