在他的影响下，起义军队伍上行下效，甚至还在长安城中烧杀淫掠。起先，李氏的王公贵族和地主巨富纷纷遭殃，接下来，就连普通百姓也被霍霍得够呛。据《新唐书·逆臣下
》记载:
富家皆跣而驱，贼酋阅甲第以处，争取人妻女乱之，捕得官吏悉斩之，火庐舍不可赀，宗室侯王屠之无类矣。
就在黄巢祸害长安之时，躲在成都的唐僖宗也没闲着，他纠集了多路人马进行反攻，希望尽快夺回长安城。不得以，黄巢主动率军撤离了长安。
由于朝廷轻敌冒进，黄巢竟然绝处逢生，迅速扭转了战局，再一次攻下了长安。
黄巢率军第二次进入长安时，已经没有了上次的“荣光”，百姓不仅没有夹道欢迎，而且还纷纷躲避这个狂魔。盛怒之下，他开始纵兵抢掠，甚至还屠城数日血洗了长安，搞出了一处人间地狱。据《旧唐书
》记载:
贼怒坊市百姓迎王师，乃下令洗城，丈夫丁壮，杀戮殆尽，流血成渠。
由于唐军调整了剿匪策略，开始稳步推进，黄巢军的内部逐渐军心涣散了。尤其是，在朝廷的招安下，就连黄巢的心腹大将朱温也投降了，开始反戈一击进军长安。
黄巢终于意识到自己末日降临，只得撤出长安向河南方向败退而走。途中，他的军队已经溃不成军，在饥饿之下竟然出现了令人发指的“人吃人”现象。据《旧唐书·黄巢传
》记载:
关东仍岁无耕稼，人俄倚墙壁间，贼俘人而食，日杀数千。贼有舂磨砦，为巨碓数百，生纳人于碎之，合骨而食，其流毒若是。
