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慢性损伤是指长期烟草成瘾所造成的、对勃起功能的损伤，一般是潜移默化地慢慢发生，最终发展到勃起不坚。它主要涉及以下三方面：
第一，影响阴茎血管的调节能力。长期烟草成瘾可以使供应阴茎血液的动脉，尤其是直接有关的阴部内动脉和阴茎海绵体动脉，发生硬化和狭窄，因而显著减少对阴茎的血液供应。“虽然也有人认为香烟中的尼古丁有扩张血管作用，短时间内能使阴茎勃起功能加强，但实际上，长期烟草成瘾者对心血管有损害作用，最终仍会导致ED。”中山大学附属第三医院不育与性医学科主任张滨在接受媒体采访时说，长期烟草成瘾会使血液成分发生变化，从而导致血液黏滞。
第二，影响阴茎勃起反射的神经调节。长期烟草成瘾会刺激交感神经，分泌过多的肾上腺素和去甲肾上腺素，造成阴茎勃起障碍，还可以使一氧化氮(促进阴茎勃起的物质)含量明显减少。
第三，使男人激素(雄激素)分泌减少。有实验发现，雄性实验鼠长期吸入香烟烟雾后，体内雄激素水平会大幅下降。“这是因为香烟中的毒害物质可以破坏睾丸内的间质细胞，而这是专门制造和分泌雄激素的‘催化剂’，而雄激素是男人性欲望和性能力的驱动因素。”
