2006年孙耀琦正式加盟湖南卫视“快乐购”,20岁的她被快乐购推选为“感恩天使”。2007年孙耀琦开始与湖南卫视的一线主持何炅搭档节目《快乐购》。2008年出演电视剧《好汉一箩筐》,剧中孙耀琦扮演“川贝格格”。2009年参演《丑女无敌第二季》,饰演“女老师”。2011年出演《新还珠格格》扮演“金琐”并走红。
2012年出演由长城影视股份有限公司出品的古装传奇情感战争剧《隋唐英雄》,该剧中孙耀琦扮演如意公主。同年3月由浙江长城影视传媒和湖南卫视联合打造的古代宫廷传奇电视剧《太平公主秘史》上映,孙耀琦饰演青年时期的上官婉儿,同时受邀做客《我是大美人》节目。3月17日孙耀琦、何炅参加快乐购六周年庆活动。4月8日孙耀琦、韩雪、黄雅莉、马力欧等艺人助阵湖南卫视快乐购在上海推出六周年特别活动达人天团春秀场。11月主演都市职场
偶像剧《艾米加油》,剧中她饰演女主角“艾米”。11月26日孙耀琦做客湖南卫视微信访谈。
孙耀琦剧照
2013年受邀参加湖南卫视《一生一世合家欢》节目录制,节目现场孙耀琦与演员迟帅携手共同演绎了一段搞笑浪漫的“情侣秀”,两人因各自的精彩表现成为观众心中的优质“偶像组合”。5月受邀参加国内首档明星模仿秀《百变大咖秀》节目录制,孙耀琦现场反串“林志颖”。7月孙耀琦凭借在网络剧《我为宫狂》中饰演纯真可爱、对爱情执着的穿越三百年到现代的宫女“琉璃”,孙耀琦因此而获得超高人气。8月孙耀琦颠覆荧屏形象在2013版《武松》中饰演“潘金莲”,被网友成为“最萌潘金莲”。8月17日出席电视剧《武松》在北京举行的媒体发布会。