由于肛门处有括约肌，其收缩能力比较强，不能强行插入，否则容易引起肛裂。不安全的肛交
和其他不安全的性行为一样，有传播性病的风险，特别是艾滋病病毒。根据倡导安全性行为人士的意见，任何性行为，包括肛交，应该全程使用安全套，但是这样仍不能认为是绝对安全的。避免与已知感染性病的人或染病情况不明的人进行性交，注意自己的健康，增加与伴侣的沟通，了解身体情况以及讨论活动细节可以进一步减低风险。
值得注意的是，肛交即使是在双方没有性传播疾病的前提下进行也会带来一些健康上的风险。由于阴道自身会分泌润滑液来辅助性交，而肛门和直肠并不会自身分泌润滑液，一般这点可使用人体润滑剂、使用安全的道具或使用安全套来减低不适感。但是，直肠内衬的上皮黏膜组织极易在异物插入过程以及性交过程中的磨擦受到损伤，即使是在熟练的操作和正确与妥善使用辅助工具如润滑剂与安全套的情况下，无论是否有不舒适甚至疼痛的感觉，仍然会造成许多肉眼所看不见的小伤口，而这是可以借由法医学或刑事案件调查中常使用的检验指示剂检测出来的。由于直肠壁的正常生理功能主要是粪便的排出通道，而为数众多的肠内细菌的确会造成感染的风险。太频密的肛交行为可能会使肛门括约肌松弛、肛门粘膜充血、红肿或肛裂，甚至出现大便失禁、直肠脱垂。需尽量避免长期不当肛交造成了局部器官的严重损害或严重的心理伤害。强制肛交另外也会造成阴茎龟头的损伤。不过事前的清洁、避免使用不洁或尖锐的道具、以及做到足够的润滑都能将风险降至最低。
