性交疼痛的发生原因是复杂的：
性无知或性经验缺乏。如：男性误把尿道当作阴道进行性交；性交前男性不作准备动作而将阴茎猛烈插入阴道等。
性交疼痛与阴道痉挛同时存在"两者可互为因果。
生殖器官的生理萎缩。如绝经后或切除双侧卵巢的妇女，由于雌激素的分泌不足，造成生殖器官的萎缩与干燥，这是造成性交疼痛的常见原因。
生殖器官和周围器官的先天缺陷、发育不全或后天发生的器质性病变。
如:先天性处女膜肥厚"处女膜伞、阴道狭窄；先天性卵巢发育不全或男性假两性畸形伴有的阴道短小、阴道纵膈或横膈、尿道下裂；阴蒂阴蒂垢、前庭大腺囊肿、外阴切开术后的瘢痕、外阴炎、外阴溃疡或白塞氏综合症；外阴白色病变萎缩引起的阴道口窄、阴道内各种炎症、阴道囊肿和各种治疗引起的阴道狭窄；尿道炎、尿道肉阜、尿道憩室、尿道膨出；直肠肿瘤、肠炎、严重痔疮、直肠阴道瘘；子宫内膜炎、子宫后倾、子宫脱垂；卵巢囊肿与肿瘤、卵巢下垂、手术后卵巢固定后穹窿；子宫内膜异位症、附件炎、盆腔炎、手术后盆腔内软组织粘连等；均可以引起性交疼痛。
