1、持续时间不同：
西地那非的半衰期为3.7小时，他达拉非为17.5小时，所以西地那非属于短效类制剂，他达拉非属于长效类制剂；也就是说口服长效的他达拉非36小时内均可以起到勃起作用。
食物不会影响他达拉非的活性，而食物则可能会降低西地那非的功效；
2、用药时间不同
西地那非同房前半小时服用，他达拉非可在36小时内自由选择同房时间，用药时间限制少。
3、起效时间不同
他达拉非一般在16至45分钟内起作用，其活动不受食物的影响。西地那非通常在30分钟内起作用，如果在高脂餐后立即服用，其作用可能会减弱（这也可能会延迟它的作用速度）。因此，最好空腹服用西地那非。
4、用药剂量不同
每天服用他达拉非时，建议的初始剂量为每天一次2.5mg，对于也患有BPH的人则为5mg。对于仅用于ED的人来说，每日剂量的时间无关紧要；但是，建议患有良性前列腺增生的患者每天在同一时间服用。每天服用不超过一剂，但如果无效，医生可能会考虑将剂量从2.5mg增加到5mg。
在夫妻活动发生前约1小时，可根据需要服用西地那非，剂量为50mg（尽管可以在服用前30分钟到4小时服用）。如果50mg无效，剂量可以增加至100mg，如果不能忍受副作用，则可以减少至25mg。即使效果在约4-5小时后消失，每天也只能服用一次西地那非。
5、两者的不良反应发生率不同
这两个药物属于同一类药物，不良反应也类似，常见的不良反应如：头痛、消化不良、面色潮红等，但两者的不良反应发生率和持续时间不同：他达拉非属于长效类药物，不良反应发生率相对较高，而且持续的时间较长；西地那非属于短效类，不良反应发生率相对低，持续时间相对较短。
所以，他达拉非作用时间长，可以减少用药的时间顾虑，但在体内代谢的时间长，不良反应发生率相对较高；西地那非作用时间短，比较适合按需服用，但作用时间短，会有一定的时间顾虑问题。这两个药物是有一定的区别的，因此，需要结合个人需求和医生建议，权衡利弊后选择使用哪一个。
