此外，《本经》遵循《内经》提出的君臣佐使的组方原则，以朝中君臣地位为例，以药物为例，表明其主次关系和配伍规律。《本经》还详细描述了药物的性质，指出冷、热、冷、酸、苦、甜、辛、咸是药物的基本性质，可根据不同的冷、热、湿、干性质选择药物。冷病选择热药；热病选择冷药；湿病选择温热干燥的产品；干燥的疾病必须是凉爽和潮湿的流动，相互兼容。参照五行生克的关系，我们非常了解药物的归还、趋势、升降和起伏，以便选择药物配方和兼容药物。
长期以来，《神农本草经》一直是医生和药师学习中药的教科书，或作为必读书，被放在非常重要的位置。书中对药物性质的定位和功能主治的描述非常准确，大多数药物理论和配伍规则仍然是中医的重要理论支柱。对于现代中医临床，《神农本草经》的讨论仍然具有非常稳定的权威性。同时，它也成为医务工作者必备的工具书之一。
