三年二月请洪秀全摆驾入城，改南京名天京，建都于此。之后洪秀全僻处深宫，其总揽天国大事，刑赏生杀，升迁降调，所有号令皆由其决定。
军事上策划组织了北伐、西征等重要战役，主持指挥了击破清军江南、江北两大营的战役。为提高军队战斗力，整顿营规，立法安民，规定军队绝对不能扰民，将领要爱护士兵、扶持伤病员。用人赏罚得当，选拔不徇私情，以智勇兼备委重任，以战功卓著拔将帅，为天国后期储备了人才。
在地方政权建设方面，推行乡官制，乡官需公推产生。乡官有及时向太平军提供行军所需各物，确保军需不缺的职责。工商管理方面，总结施政利弊后，开设“买卖街”，准许私人营业；在皖、鄂、赣各府州县实施照旧交粮纳税政策，革除浮收勒折之弊，业户负担大为减轻，使军民衣食充裕而圣库有所储备。
文化建设方面，主张有批判地吸收继承儒家传统文化，设书局删六经四书，删定之后颁行颂习。对外关系上，坚持独立自主、平等外交的方针。
杨秀清真实死因：
随着太平天国军事的发展，逐渐居功自傲，专横跋扈，不知谦抑，杨秀清常以天父的名义否定洪秀全的主张，对各级将领也苛责挫辱，加以压制，引起各方不满。六年，亲率军破江南大营，解天京之围，骄横志满，竟逼洪秀全封其为万岁（一说未逼封）。北王韦昌辉得洪秀全密诏（一说无密诏），率3000军士赶回天京，于八月四日（9.2）凌晨攻入东王府，诛杀其及亲属亲信，引发太平天国内讧。九年，洪秀全追念其前功，恢复其名誉及爵号，下诏定其死日为东升节。
军事上策划组织了北伐、西征等重要战役，主持指挥了击破清军江南、江北两大营的战役。为提高军队战斗力，整顿营规，立法安民，规定军队绝对不能扰民，将领要爱护士兵、扶持伤病员。用人赏罚得当，选拔不徇私情，以智勇兼备委重任，以战功卓著拔将帅，为天国后期储备了人才。
在地方政权建设方面，推行乡官制，乡官需公推产生。乡官有及时向太平军提供行军所需各物，确保军需不缺的职责。工商管理方面，总结施政利弊后，开设“买卖街”，准许私人营业；在皖、鄂、赣各府州县实施照旧交粮纳税政策，革除浮收勒折之弊，业户负担大为减轻，使军民衣食充裕而圣库有所储备。
文化建设方面，主张有批判地吸收继承儒家传统文化，设书局删六经四书，删定之后颁行颂习。对外关系上，坚持独立自主、平等外交的方针。
杨秀清真实死因：
随着太平天国军事的发展，逐渐居功自傲，专横跋扈，不知谦抑，杨秀清常以天父的名义否定洪秀全的主张，对各级将领也苛责挫辱，加以压制，引起各方不满。六年，亲率军破江南大营，解天京之围，骄横志满，竟逼洪秀全封其为万岁（一说未逼封）。北王韦昌辉得洪秀全密诏（一说无密诏），率3000军士赶回天京，于八月四日（9.2）凌晨攻入东王府，诛杀其及亲属亲信，引发太平天国内讧。九年，洪秀全追念其前功，恢复其名誉及爵号，下诏定其死日为东升节。
