第二个阶段同样延续三年多。在这一阶段，连松子和松针都不能吃，只能吃松树皮和树根，不知道谁能受得了。这一阶段的苦修僧人，以长期打坐代替了锻炼。目的是将身体的新陈代谢降到最低，减少能量消耗，以适应松树皮、树根之类的几乎没有营养的食物。这类苦修，几乎使每个人都变得骨瘦如柴。其实，这是一种慢性自杀，它不同于绝食。绝食会导致人突然死亡，但是，长期挨饿，逐步加大挨饿程度的苦修方式，为日后成为肉身舍利，创造了先决条件。最大限度地减少肌肉和脂肪，就等于减少了死后尸体腐烂的可能性。
第三个阶段比较复杂。苦修僧人即将进入死亡，但在死亡之前，他们还有一些特殊的经历。比方说，他们要喝用漆树汁做成的茶水。这种东西差不多像毒药，它会造成出汗、呕吐、排尿，对于有些人还会有严重过敏反应。这一结果造成苦修者体内的水分大量流失。而且，漆树茶的某些成分留在体内，还可以防止死后蛆虫、蝼蚁等生物的吞噬。
即便没有蛆虫、蝼蚁等外部威胁，人体内脏所带有的细菌，也是造成尸体腐烂的重要原因。因此，埃及木乃伊的制作方法，要去除内脏、脑组织等，只留下一具空壳。但是，日本的肉身舍利，不需要去除内脏，居然也不会腐烂，它究竟有什么独特办法？研究者发现，按照空海大师制定的苦修程序，死亡之前的最后一步是，吞食温泉附近的一种沉淀物。
研究者发现，这种沉淀物里，有一种可怕的成分，砷。中国人熟知的砒霜，就是砷的一种化合物。研究者认为，苦修僧人死亡之前服用砷含量很高的温泉沉淀物，目的是杀死体内的细菌等微生物。而且，服食砷之后，砷不会被排出体外，它留在体内，能够长期抵御细菌。现代科学证实，砷确实是一个很好的防腐剂。
立志成为肉身舍利的苦修僧人，最后真正踏上死亡之路。他们进入到一个很小的地下墓穴，只够一个人在里面盘腿打坐。最初的时候，这个墓穴要留一根管子与外界相通，目的是让里面的僧人能够呼吸，不要立即死掉。僧人手里会有一个铃铛，用铃铛的声音告诉外面的人，自己是否还活着。几天或十几天之后，铃铛声音没有了，确认僧人已经死亡，外面的人将管子去掉，将墓穴彻底封闭。大约要封闭三年左右。三个阶段加起来共十年，再将墓穴挖开。有的僧人确实就这样成为了肉身舍利，而更多的人已经腐烂，即使经历了十年的修炼，任何一个环节没有做到位，也将功亏一篑。
