皇太极共有15位妃子，其中包括大妃、皇后、侧妃和庶妃。最宠爱的妃子是宸妃海兰珠。宸妃去世两年后，皇太极身体日渐衰弱，病入膏肓，不久死在了清宁宫，享年52岁。
皇太极共有11个儿子和14个女儿。其中皇九子福临为顺治帝（生母孝庄文皇后大玉儿）。
大妃和皇后：
元妃（1593-1612），钮祜禄氏。巴图鲁赠宏毅公额亦都之女。万历二十一年生。为元配嫡福晋，是第一任大福晋。万历四十年卒，年仅19岁。子一，皇三子洛博会。皇太极即位后不知何故，未予追封为皇后。
继妃，生卒年不详，乌拉那拉氏。乌拉贝勒博克铎之女。第二任大福晋，后因罪被休弃。子二女一，皇长子豪格；皇次子洛格，皇长女封固伦公主。
孝端文皇后（1600-1649），科尔沁博尔济吉特氏，名哲哲。科尔沁贝勒、后赠福亲王莽古思之女。万历二十八年四月十九日生。初为侧福晋，继妃乌拉那拉氏被休弃后成为第三任大福晋。皇太极称帝，崇德元年册为皇后。顺治六年四月十七日崩。女三，皇次女固伦温庄长公主，嫁额哲；皇三女固伦端靖长公主；皇八女固伦永安长公主。
孝庄文皇后（1613-1687），科尔沁博尔济吉特氏，名布木布泰。科尔沁贝勒寨桑之女。万历四十一年二月初八日生，嫁皇太极为侧室。崇德元年册为庄妃，在五宫后妃中位居最末。顺治帝即位尊为皇太后，康熙帝即位尊为太皇太后。康熙二十六年十二月二十五日崩。谥曰孝庄文皇后。子一女三，皇九子福临，即顺治帝。皇四女固伦雍穆长公主；皇五女固伦淑慧长公主；皇七女固伦淑哲长公主。
敏惠恭和元妃（1609-1641），科尔沁博尔济吉特氏，名海兰珠。科尔沁贝勒寨桑之女，孝庄文皇后的姐姐。天聪八年(1634年)嫁皇太极为侧室，宠冠后宫。崇德元年册为宸妃。在五宫后妃中地位仅次于皇后。崇德六年九月十八日薨。子一，皇八子，二岁殇。
懿靖大贵妃，阿霸垓博尔济吉特氏，名娜木钟。后封郡王阿霸垓额齐克诺颜之女。初为蒙古林丹汗之大福晋，后率部归顺皇太极。崇德元年册为大贵妃，在五宫后妃中地位次于皇后和宸妃，位居第三。康熙十三年十一月二十日薨。子一，皇十一子博穆博果尔。女一，皇十一女，封固伦端顺公主。抚养一蒙古女，名淑济（疑为林丹汗之女）。
康惠淑妃，阿霸垓博尔济吉特氏，名巴特玛·璪。阿霸垓塔布囊博第塞楚祜尔之女，初为蒙古林丹汗之妾，后嫁皇太极。崇德元年册为淑妃，在五宫后妃中位居第四。康熙六年卒。抚养一蒙古女（疑为林丹汗之女）。
