方舟子不仅和崔永元辩论,他经常以打假的名义怒怼诸多社会知名人士,韩寒也是其中的一位,方舟子说韩寒的作品中有找人代笔的嫌疑,韩寒是个青年作家,这个事情对他影响很大,于是他为了维护自己的生存利益把方舟子告上了法庭,并表示自己的文章并没有抄袭的问题存在,最后这场官司,韩寒胜诉,方舟子被强制执行赔偿损失。
方舟子和崔永元、韩寒对战只是他这么年辩论名人中的冰山一角,和他打官司的人也特别的多,方舟子有胜、有败,自2013年7月以后,方舟子就淡出了舆论中心,很久没有他的消息,才知道他已经到了美国,有人说他在2003年的时候还是中国国籍,可是到了2006年的时候就已经变成了美国国籍,于是网友喊话: 不是中国人就没有权利对中国人说三道四!