为提升空气阻力放下起落架，其后在富士山东峦北方上空以及山梨县大月市上空进行了向右急回旋，高度从22000呎降至6000呎，在奥多摩町被人拍下没有垂直尾翼的JAL123班机。除了JAL123号以外的所有飞机为了避免对指示的影响均被要求改变通信频率，有一架用正常频率继续通信的飞机则被TACC继续引导。监听到无线电的驻日美军横田基地为了帮助JAL123，指示其改变为美军指定的频率，JAL123则回答失控。TACC提出联络东京进近塔台，JAL123拒绝了。
JAL123在千叶县木更津市请求雷达导引，TACC指示向正东飞行，并询问“能否控制”，JAL123回答“失控”。之后TACC要求改变通信频率，JAL123表示收到。记录到机长慌乱的呼吸声，但没人说话。日航社内无线呼叫了三分钟，但无人应答。TACC与JAL123取得联络，JAL123在无线电中称飞机“失控”，TACC与RAPCON联络，RAPCON告知横田基地已经开始做紧急着陆的准备。TACC通知JAL123联络东京进近塔台，JAL123表示明白。
日航社内无线联络JAL123。JAL123请求当前位置，TACC回答其处在羽田西北100公里，熊谷正西45公里。东京进近塔台告知羽田和横田均做好了紧急着陆的准备，飞机工程师回答“好的”。这是JAL123最后的通讯信息。此后便联络不上JAL123了。这之后的18时56分，东京进近塔台以及RAPCON均联络JAL123，但无人应答。
经过机长、副机师及飞航工程师的努力，仍无法让飞机安全降落。飞机在高天原山坠毁，前半部撞山起火燃烧，后半部滑落山腰。横田RAPCON通知JAL123，“贵机位于横田西北方向65公里，横田基地为最优先着陆场”，东京进近塔台联络JAL123请求改变无线电频率，但此时JAL123已坠毁。
