性病淋巴肉芽肿的生殖器象皮肿是本病后期发生的严重损害。由于淋巴管慢性炎症，阴唇、阴茎、阴囊的象皮肿，其皮肤表面可以发生疣状增殖和息肉生长，直肠-阴道或尿道瘘管形成破坏性溃疡和伤痕。
性病淋巴肉芽肿肛肠综合征是本病常见的合并症。由于炎症从女性阴扩展到直肠周围引起直肠周围炎症，血性分泌物排出，之后形成伤痕，直肠下端管状狭窄，排便困难，伴有肛门周围瘘管。由于性狭窄，便秘和腹痛可能发生。
除上述病变外，本病还可出现无菌性脑膜炎、结膜炎、肝炎、心包炎等系统并发症、结节性红斑、多形红斑、猩红热样疹、荨麻疹等皮肤病变。
