故事主要讲的是五岁的宗介某天在外面玩的时候意外捡到了被卡在瓶子里的波妞,并且把波妞从瓶子里面救出来了,但是波妞是海里的生物,被波妞爸爸发现后又把波妞给接回去了,回去后的波妞想要变成人留在波妞身边,于是波妞离家出走了。
离开了家的波妞一直都在追寻宗介的足迹,并且还把自己的生命之水倒进的大海,从而引起了很大的波动,导致宗介的家被海水淹了,后来宗介搬家了,但是还是被波妞找到了,最后宗介收留了波妞,但是波妞的爸爸还是想把波妞接走。
波妞和宗介一起经历了太多太多,最后波妞的爸爸和妈妈都被波妞和宗介的感情所打动了,最后同意波妞留在宗介身边和宗介一起生活,整部片子看下来给人的感觉就是特别的治愈,并且对爱情这个东西也有了更多的更纯粹的想法,是一部值得一看的片子。