绍兴二十五年(1155年),秦桧去世。次年(1156年)三月十八日,万俟卨被朝廷征召回京,任命他为参知政事。同年五月初二日,万俟卨被任命为尚书右仆射,与尚书左仆射沈该同为同中书门下平章事。万俟卨又编纂太后从金国返回的经过,献给宋高宗。
张浚认为万俟卨和沈该身为宰相有负众望,上书说他们只想听命金人。万俟卨看见这份奏书后大怒,认为金人本无意兴兵,而张浚的奏书将要惹祸,张浚因此获罪被流放。十二月十六日,万俟卨提举刊修《贡举敕令格式》 五十卷、《看详法意》四百八十七卷,书成后献上,他被授予金紫光禄大夫,不久退休。
绍兴二十七年(1157年)三月二十六日,万俟卨去世 ,时年七十五岁,谥号为“忠靖”。