黄巾起义对于东汉末年的政局产生了深远的影响,为了尽快平定战事,中央下放军权至地方,使得黄巾起义的浪潮无法快速蔓延至全国,减缓了东汉覆亡的危机。但是却造成了地方轻视中央,使得具有野心的将领或官员借着在镇压黄巾起义的过程中拥有兵力割据地方,为东汉末年军阀混战揭开了序幕,更为三国分立种下远因。
在农民起义的打击下,腐朽的东汉王朝名存实亡,并最终走向了灭亡。黄巾起义,是我国历史上第三次全国规模的农民革命战争。比起秦末、西汉末两次起义,这是一次有周密计划、有长期准备、有明确目标的农民起义。
同时,这次起义不再利用某些统治者的旗号,而是公开提出“黄天当立”的口号,表明了农民起义有了新的发展。这表明,起义更缜密,因为领导人大部分为农民,极大的动摇了顽固派的利益,以杨维旭为代表的富人便支持政府,抗压黄巾军。