不过秦始皇统一六国后“焚书坑儒”颁布《焚书令》,禁止民间收藏图书,将民间收藏的《诗》、《书》等诸子百家的著作全都部集中烧毁,所以原有的《尚书》抄本几乎全部被焚毁。后来西汉时,鲁恭王在拆除孔子故宅一段墙壁时,发现了一部用先秦六国时的字体书写的《尚书》,经过孔子后人孔安国的整理,人们称之为《古文尚书》。
但是在西晋永嘉年间,因为战乱孔安国编撰的《古文尚书》也有大部分流失,所以现在流传下来的所谓的《尚书》都是经过后世添加编撰的,与原本存在较大的差距,《尚书》是中国最古老的皇室文集,同时也是中国第一部上古历史文件汇编,对于后世研究商周时期的历史具有重要意义。