途中佐井及鸣人一队却碰上了大蛇丸，大蛇丸跟鸣人再度交手，而鸣人却让佐井先往寻找佐助。后小樱及大和前来支援，大蛇丸不欲战斗而遁去无踪。不久，鸣人、小樱跟佐助再度会面，但佐助却不领旧情，欲把他们全部杀掉。这时大蛇丸突然出现，出奇地阻止佐助杀死鸣人他们，因为大蛇丸认为他们还有利用价值，可替他多杀掉几个‘晓’的成员。但后来大蛇丸怎么死的，则是因为佐助。
佐助会意而放弃杀害鸣人们的念头，和大蛇丸一起随风而消逝。不尸转生的三年期限结束后，连兜的药也救不了他，大蛇丸认为是时候利用佐助的躯体进行灵界转生。另一边佐助认为大蛇丸该教他的全都学会了，大蛇丸的存在对其来说没有利用价值，故先发制人，冲进其房间进行刺杀。大蛇丸也不甘示弱，现出真身白鳞大蛇，并准备进行灵界转生。
