２００３年３月任国务院副总理。同年４月２３日兼任新成立的国务院防治非典型肺炎指挥部总指挥。４月２６日兼任卫生部部长（至２００５年４月
）。２００４年２月任新成立的国务院防治艾滋病工作委员会主任。２００７年８月兼任国务院产品质量食品安全领导小组组长
。
中共第十三届中央候补委员，十四届、十五届、十六届中央委员，十五届中央政治局候补委员，十六届中央政治局委员。
吴仪的口头禅：
吴仪自称“小女子”，她常常说的话是：“小女子豁出去了”、“小女子有泪不轻弹”、“小女子不在乎这个”、“小女子受命于危难之中”、“从男人堆里干出来的小女子”。
吴仪的称号：
“中国铁娘子”（国际政坛），2002年全球经济风云人物，中国“十大时代女性”，“铁女人”（国际贸易谈判圈），“很会修理傲慢的美国人的中国人”，“拼命三郎”，“全球最有影响力的女性”
吴仪精彩语录：
“我不是独身主义者，只是生活没有赋予我这个机会。我没有谈过恋爱，至今还没有一个人能闯进我的生活。可能我把生活过于理想化了，其实白马王子在现实中并不存在。”
吴仪亦说过：“人前的潇洒是用人后的艰辛劳动换来的。”作为政治家和专业人士，她用艰辛的劳动换来了人们的尊敬。作为女人，她亦被人风趣地形容为“老少咸宜”的偶像。
记者：如果您突然落在一个荒无人烟的孤岛上，您首先选择什么？吴仪毫不犹豫地回答：我要垦荒，为自己创造生存的条件。
美国人想给吴仪来个下马威：开场白便显现出来者不善，“我们是在和小偷谈判。”吴仪毫不留情地顶了回去：“我们是在和强盗谈判，请看你们博物馆里的展品，有多少是从中国抢来的。”
