林肯有着民族、国家大和解的胸怀,又为黑奴的解放竭尽心力,因此深为后人敬仰。但他的思想理念及行为在当时却很难得到所有人,特别是南方民众的理解。林肯赢得了1864年的大选,1865年连任不久,4月14日在首都福特剧院看戏时,被同情南方联盟国的著名演员约翰•布思(John Wilkes Booth)刺杀,第二天早上不治去世,享年66岁,成为美国历史上第一位被刺身亡的总统。林肯逝世后,遗体被埋在伊利诺斯州的斯普林菲尔德,后来他的妻儿也安葬于此。伊利诺伊州因此别称“林肯之地” (Land of Lincoln),目前该州机动车牌照上写的就是这句话。
林肯去世后,多次被传媒评为最伟大的总统、历史上最有影响力的人物等;他也是美国民众最喜欢的总统之一。