1956年的清洗没有涉及到他，但到了1958公布延安派罪状之后，他也被处决。
其它被处决的延安派高官还有：朴勋一、张平山、朴孝三、金汉中、李益成、等人。
★清洗国内派
先说一下国内派的渊源。该派的头头是朴宪永，此人是朝鲜共产运动的元老，其资历高过金日成。二战结束后，朴宪永在汉城重新成立了朝鲜共产党。当时金日成只是“北朝鲜分局”的负责人，名义上归朴宪永领导。
后来在苏联的支持下，“北朝鲜分局”独立，称为“北朝鲜劳动党”，金日成开始跟朴宪永平起平坐。到了1948年，南朝鲜的李承晚在美国的支持下，开始镇压共产党，以朴宪永为首的朝鲜共产党高层在南方待不下去（汉城属于南方），纷纷北上。之后朴宪永反而寄人篱下，在北朝鲜屈居二把手。
因此，金日成清洗国内派，分为两个阶段，1948年是分水岭。
◇1946至1948年——先打击国内派在北方的代表
这个时期，国内派的主要人物还在汉城（属于南方）。所以金日成先联合苏联派，打击国内派在北方的代表人物——主要是吴琪燮和朱宁河。
吴琪燮
此人是朴宪永的亲信，也是朴宪永在北方的代表。对吴琪燮的批判从“一大”持续到“二大”，他被攻击为“民族主义分子”、“托洛茨基主义左倾分子”。在劳动党的一届三中全会上，金日成亲自发言，称其为“反党分子，个人英雄主义的毒瘤”。
当时金日成羽翼未丰，所以没杀吴琪燮，只是让他边缘化。
