1979年，杨小凯报考社科院硕士生，但由于历史问题，无法参加考试，于是他在湖南大学数学系旁听了一年。1980年他再次报考，在副院长于光远的帮助下，终于获得参加考试的机会。
杨小凯一考即中，于是在中国社科院做了两年的实习研究员。在这段时间，他已经完成《经济控制论初步》和《数理经济学基础》两部著作。据那个时代过来的经济学家们回忆，他们当时了解西方主流经济学的最重要的窗口，就是杨小凯的这两本书。
1982年，杨小凯被聘为武汉大学讲师。当时，普林斯顿大学的邹至庄教授正在武汉大学访问，杨小凯引起了他的注意。经邹教授推荐，杨小凯于1983年前往普林斯顿大学攻读经济博士。
临出国时，又遇到了麻烦——杨小凯还没被平反，无法通过政审。邹教授只好写信给中央，才把手续办下来。
从大字报到普林斯顿，杨小凯花了整整17年，终于进入了世界一流的思想殿堂。在与顶尖学者切磋的过程中，他对自己的思想体系越发有了信心。拿到博士学位后，他又去耶鲁念了一年博士后，随后受聘于澳大利亚八大名校之一：莫纳什大学。
杨小凯的经济学上的成就，令全球学术界侧目。1988年时，他的博士论文就被多方评价为“真正的开创性研究”，“一篇具有改变经济学所有基本定律的潜力的论文”。他在澳大利亚任教期间，诺奖得主詹姆斯·布坎南说：“我认为现在全世界最重要的经济研究就在莫纳什大学，就是杨小凯所做的。”
