但自从苏联解体、92年中韩建交后，中国与朝鲜金正日政权的关系一度严重恶化。朝鲜首先删除了教科书和官方通讯中关于中国志愿军参战的事实，然后撤除了板门店的中方国旗。又以“朝鲜人祖脉”和“金日成故乡”的名义向中国讨要中国仅有的长白山天池四分之一的主权。在中朝黄海经济海域划界问题上对中国的主张“不能接受”。在涉及朝鲜半岛的重大国际问题上，朝鲜也开始刻意排除中国的影响力，与俄罗斯叶利钦和普京政权加强合作。2000、01年，金正日几次批评中国改革开放政策，并认为“修正主义中国的毒化影响” 已经波及了朝鲜。但可笑的是，随着朝鲜要“振兴经济”金正日又向中国狮子大张口，2002年其密访中国，从中国要走了近30亿人 民币的物资、2003年在各项援助外，又向中国额外要了5000万美元的经济援助。但中国似乎并没得到金正日在政治上的顺从。
最明显的例子，朝鲜向中国隐瞒发展核武器的事实，按中国外交部的话说“中国是从国外新闻中才得知这个消息”。从2003年开始的由中国主催的“ 六方会谈”，朝鲜、中国、俄罗斯本应作为一个阵营，但朝鲜从阳奉阴违的盘计利益得失到数次不与中方打招呼就单方面宣布退出的公开抗拒，虽然中 国做了大量工作，但朝方并不领情，让中国数度陷入尴尬境地。2006年7月5日，朝鲜为抗议美国对其印伪钞、贬毒等进行的金融制裁，违背与中俄达成的导弹 试射承诺，示威性的试射了10枚包括大浦洞在内的各型导弹，使半岛局势骤然紧张，中国急派特使前往朝鲜，却得不到金正日的接见，让中朝关系出现了前所未有 的严重分歧。虽然此后中国、俄罗斯依然在安理会上力保朝鲜免受全面的经济禁运和制裁，但对朝鲜的一意孤行也是无可奈何。2006年8月底金正日甚至公开声 称“搞核事业只能靠自己，中、俄两个国家并不可靠”。
