1998年,孟晚舟从行政转到财务。在头几个月,只要总账和明细账的数据不一致,她的会计凭证一定是重点检查对象。2007年,公司聘请IBM作为集成财经变革的顾问,得益于顾问们的包容,鼓励,几年之后,很多在IFS项目组的员工,不仅专业上进步了,英语也进步了很多。
之后的几年随着自己专业知识的加强和经验的积累,孟晚舟在财务领域上的工作越来越顺利。同时随着自己的成长,也逐渐加入华为的财务管理中,提出建设性的建议,也得到领导的重视。由于她的加入,之后的华为财务管理更加顺利,也解决了任正非最关注的财务问题。
2003年,孟晚舟负责建立全球统一的华为财务组织,这一系列的改革包括组织架构、业务流程、财务制度和IT平台,使得全球的财务组织以更高的效率和更低的成本运作。
从2005年到2009年,在华为全球账务系统的统一化和标准化建设中,孟晚舟主导建立了五个账务共享中心,覆盖和支撑全球的会计核算工作,并推动华为全球集中支付中心在深圳落成。
从2007年开始,她负责实施华为集成财经服务的变革项目,该项目实施能为各级经营组织提供更完善、更准确、更有价值的财务数据,促使华为持续为客户提供高品质的综合解决方案。