①离开站上的船，撤离空间站组合;
②绕飞后进行首次径向交会试验;
③等待返航，与地球同步作息;
④进入大气层前完成两舱分离;
⑤进入大气层，经历高温振动的恶劣环境考验;
⑥打开降落伞，稳稳落地。
9月16日上午，神舟十二号载人飞船与空间站天和核心舱成功分离。在分离之前，宇航员关闭了连接天和核心舱与神舟十二号的双向承压舱门，正式撤离空间站。进入神舟十二号飞船后，宇航员需要立即换上出征时穿过的舱内压力服。
此后，神十二组合进行了绕飞试验和径向交汇试验。完成后，飞船绕飞到核心舱前端，约4.5小时。
测试结束后，神舟十二号还需要绕地球飞行十几圈，每圈大约1.5小时。这时，一名宇航员在返回舱内值班，另外两名宇航员进入轨道舱休息。他们还需要在返回前做一些准备，包括转移物品、设置返回状态、发送宇航员在轨指令等。在这段时间里，宇航员将与地球同步作息，然后入睡，等待第二天一早开始返回任务。
神舟飞船的前部是轨道舱，中部是返回舱，后部是推进舱。轨道舱和返回舱在降轨前将首先分离。随后发动机启动，飞船将从393公里的高度逐渐下降。进入大气层前，飞船应完成推进舱分离。
飞船返回舱进入大气层后，是返回过程中环境最恶劣的阶段。空气密度越来越大，返回舱与空气剧烈摩擦，使其底部温度高达数千摄氏度，返回舱周围被火焰包围。
在距地面约10公里的高度，返回舱将打开降落伞，并将防热底部扔掉，速度将降至每秒3.5米左右。当距地面约1米时，启动反推发动机，最终使返回舱安全着陆。
