1987年至1990年北京大学物理系博士研究生。
1990年至1991年中国科学院物理研究所博士后。
1991年至1995年法国里尔表面与界面实验室和美国休斯顿大学博士后、副研究员。
1995年至2009年中国科学院物理研究所研究员。
1999年至2007年期间任中国科学院物理研究所所长。
2004年至2009年北京凝聚态物理国家实验室（筹）主任。
2005年6月至2009年5月任德国Fritz-Haber研究所做AvH访问教授；
2008年至2009中国科学院副秘书长、研究生院常务副院长。
2006年至2007年中央党校中青班学员。
2007年当选为中国科学院数理学部院士。
2007年10月至2008年3月在美国斯坦福大学做GCEP访问教授；
2008年当选为第三世界科学院院士。
2009年至2011年任北京大学研究生院院长、物理学院院长。
2009年10月至12月在美国加州圣巴巴拉大学做KITP访问教授。
2011年至2012年任北京大学党委常委、副校长、教务长。
2012年至2013年北京大学党委常委、常务副校长、教务长。
2013年3月任北京大学党委常委、校长。
北京大学校长王恩哥今日表示，文化的馈赠是一项极富活力和魅力的活动。馈赠的态度是彼此尊重，尊重别人的选择，决不强加于别人，各个民族既把自己的好东西馈赠给别人，也愿意接受别人的馈赠。
