第一种认为棕色大熊猫的出现可能是由于影响毛发色素合成的微量元素在秦岭地区的土壤、水源中含量异常，因而影响它的毛发中的黑色素的合成。但如果是这个原因，该地区所产的大熊猫种群中似乎应该有从黑色到棕色变化的各种毛色的中间类型，但迄今为止尚未发现这样的居间类型；
第二种认为棕色的体毛是由于基因突变所引起的，但在自然界由于基因突变而影响毛色的现象出现的概率很低；
第三种认为棕色毛色是一种原始的性状，即返祖说；
第四种认为这是一种隐性基因纯合的结果，假设体毛的颜色由一对基因来控制，则控制棕色体毛的基因为隐性。只有当亲本双方同时携带有这种基因的时候，它们的子一代才可能出现隐性基因纯合，从而生长出棕色的体毛。第四种解释虽然似乎比较圆满，但由于人们掌握的有关资料还很少，所以要揭开棕色大熊猫之谜还有待于进一步的研究。
1986年4月，大熊猫丹丹发情期间，分别通过利用冷冻精液进行人工授精和与饲养在佛坪自然保护区的雄兽“弯弯”交配的方法使之怀孕，并于当年9月13日产下2个幼仔，但都没有成活。1989年4月丹丹再次发情时，又与弯弯交配，受孕后于当年8月31日产下1个雌性幼仔，经过精心护理，幸运地存活下来，但生长发育比较迟缓，取名“秦秦”。不过，丹丹所生育的幼仔的毛色均为黑白相间，没有任何棕色。
棕色熊猫发现历史
第一只（1985）
1985年3月26日汉中佛坪县岳坝乡大古坪村村民吕国友在陕西秦岭的佛坪自然保护区内一个海拔大约为1200米的河谷中发现一只棕白色相间的患病大熊猫，经抢救成功后很快恢复了健康，病愈以后寄养在西安动物园，取名“丹丹”，当时年龄为13岁，体重60多千克。与众不同的是，丹丹的毛色并非黑白相间，而是棕色和白色相间。熊猫专家潘文石说，这只棕白色的雌性大熊猫是迄今为止所见到的世界上唯一一只棕色大熊猫，给它取名叫“丹丹”，它在世界动物史上竖起了棕色大熊猫的里程碑。
