1、地下是空的，当年侵略华日本731部队号称是地上3000，地下3000，意思就是地下工程跟地上一样多，但是没有经过验证，地下工事目前依然是个谜。731遗址馆长指出，在遗址区内曾经很多次发现了地道口，据至至少有4个，经过地道只能下到一部分，不能了解全部的情况，因为没有人敢走太深，下雨的时候会有雨水往地道流，所以地下应该是空的，这应该也是不敢挖的原因之一；
2、731遗址下面非常大，当地居民讲述，小时候曾经钻进过一个地道口，四壁全是水泥，屋子里还有一个地道口，通过地道口还发现了更大的平台，一直往下走在角落里又发现了一个口就没有继续往下走，一个口套一个口就感觉像糖葫芦似的。731幸存者劳工讲述他们当前往地道里抗水泥的时候，是被蒙上眼睛的，每个人手里都拿着一根棍，40多个劳工靠棍子头尾相互连接，只知道地道非常的深，越往下面走越凉，可见地道的深度及长度；
3、地下存在不明结构，731遗址馆长介绍，东北轻合金厂的家属楼是"骑"在遗址之上，当初打地基时，一侧地基都能打进去，另一侧怎么都打不进去。2000年遗址挖掘时经过仪器探测，发现地下存在不明结构，但由于没有全面挖掘，731遗址地下工事的真实面目还无法知晓；
4、资金屏障，黑龙江专家鉴定会提出在731遗址上建护棚，以考古的方式对遗址进行全面挖掘。但是馆长表示目前依靠陈列馆自身无力进行全面挖掘，财政一年给我们拨款30万，维持人员开支都不够，更不要谈什么全面挖掘，资金屏障，使谜团仍旧笼罩着神秘的面纱。
